Камисаку Харухи проживает в мире, где магия является распространённой и общедоступной практикой. В этом обществе не существует страха перед чародеями, а напротив, многие стремятся освоить волшебство. Для обучения были созданы специализированные академии, куда поступали желающие овладеть магическим искусством. Учебный процесс включал посещение лекций, получение знаний от опытных волшебников, а также практику в создании эликсиров, которые могли даровать силу, долголетие или привлекательность.

Юная девушка по имени Пустая приходит в сознание в незнакомом мире. Она не помнит своего имени, прошлого и цели своего существования. Её память полностью отсутствует, что делает её уязвимой и дезориентированной в новой для неё реальности. В этом мире Пустая встречает Куруми Токисаки, которая приводит её в школу, где находятся другие девушки. Эти девушки известны как "полудухи" - существа, обладающие особыми способностями. В школе между ними установлены враждебные отношения, и они