Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато встречает дигимона по имени Гилмон, после чего между ними формируется партнёрство. Они отправляются на курорт в Окинаве, который отличается природной красотой и спокойной обстановкой. После прибытия герои обнаруживают, что по компьютерам Японии распространяется вирус. Такато и Гилмон начинают подозревать связь этого явления с дигимонами. Позже к ним присоединяется Минами, ещё один укротитель дигимонов, что добавляет новые вопросы к происходящему.

На фоне отдыха на пляже происходят необъяснимые события. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону, что побуждает Такато искать причины такого поведения. Он пытается выяснить природу вируса и его отношение к миру дигимонов. В ходе поисков герой сталкивается с испытаниями и угрозами. Постепенно раскрывается цепь событий, связывающая Такато, Гилмона и других дигимонов.

Путешествие превращается в последовательность задач, в процессе которых Такато узнаёт больше о своих возможностях и устройстве мира дигимонов. Он встречает новых союзников и противников, а также сталкивается с загадками. Изучение прошлого и настоящего помогает герою определить своё место в этой системе.